Die Gemeinde Pleiskirchen betreibt drei Kanalisationssysteme mit zwei Kläranlagen. Das Schmutzwasser der Kanalisation des Ortes Güntering wird über die Druckleitung der Gemeinde Niedertaufkirchen der Kläranlage Mühldorf a. Inn zugeführt.

Die Abwässer der Orte Pleiskirchen, Schmidhub, Bachleiten, Hochstraß und Walding sowie des Gewerbegebietes Pleiskirchen werden der biologischen Kläranlage Pleiskirchen zugeführt.

Ort und Gewerbegebiet Wald, Irlach und Näglstall leiten ihre Abwässer in die Kläranlage in Wald.

Betreut werden die Anlagen von der Fa. Abwasser-Eger und dem gemeindlichen Klärwärter Josef Aderer.